Devido à irregularidade das chuvas e dos níveis de aridez solo, a Caatinga é o bioma brasileiro de mais difícil restauração. Em outras palavras, reflorestar a Caatinga representa um grande desafio social, científico e tecnológico. Por isso, a Associação Caatinga possui uma equipe especializada em projetos de restauração florestal que busca estar completamente atualizada sobre o que há de mais moderno em termos de técnicas e ferramentas de restauração. Além disso, a Associação Caatinga desenvolve uma iniciativa de coleta de sementes e produção de mudas nas comunidades rurais ao redor da Reserva Natural Serra das Almas, aliando geração de renda, sustentabilidade e educação ambiental.
Em parceria com a Universidade Federal do Ceará, a Associação Caatinga desenvolveu um protocolo para a produção de mudas de 37 espécies arbóreas da caatinga que podem ser destinadas a ambientes abertos, em regeneração, de mata ciliar, de nascentes e demais Áreas de Preservação Permanente (APP’s).